突袭世界()的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到()第3新东京市。本以为()能见到父亲()迎接的他,却见到名为“ 使徒”的巨大生()物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元()渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却()是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补()驾驶员绫波丽后(),决定()遵从父亲的命令。就()这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初()号机迎战使徒。
不断袭来的使徒,身份不明的绫波丽,从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾,14岁的少年要面对远超自己()能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切,一个称()为“人类补()完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。