突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在()废()墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡()叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“ 使徒”的巨大生()物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训()练的()真嗣,准备()驾驶()EVA初号机迎战使徒。
不()断袭来的使徒,身份不明的绫波丽,从德国来的驾驶员惣流·明()日香·兰格蕾,14岁的少年要面对远超自()己能力的挑()战。而碇元渡不动声色地观察一切,一个称为()“人类()补完计划”的神秘计()划正在按照他的计划实现。