突()袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元()渡叫到第3新东京市。本以为能()见到父亲迎接的他,却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交()火。危()急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带()往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣()的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机()器人与使徒战斗。本已表示拒绝的()真嗣,看到重()伤的替补驾驶员绫波丽后(),决定遵从父亲()的()命令。就这样,从未受过作战()训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
不断袭来的使徒,身份不明的绫波丽,从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾,14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动()声色地观察一切,一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。