故事的舞台是互联网系统发达的都市「()DEN CITY」。
在那里有()经由()巨型企业「()SOL技术社」通()过高度的网络技()术构()筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新()的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出()现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团()「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
()然而在世界受到这样的威胁时,有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。
在那场传奇的战斗()中,「Playmaker」使用压()倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界,然后却突然消声匿迹了,而他()的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播,成为了传说。
而现在,作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的某件事件()的真相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑()士团」展开了追击...... 以此为契机,命运的齿轮就此转动……
迷之AI的真身,「()海()诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目()的(),以及隐藏在游作过去的()真相到底是———
所有的答案,都在「Link Vrains」中