故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」()。
在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过()高度的网络技术构筑而成的()被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂()热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集()团「海()诺因骑士团」。而他们()的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
然而在世界()受到这样的威胁时,有一名决斗者站了出()来。而他的名字正是「Playmaker」。
在那场传奇()的战()斗中,「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了「SOL技术社」()和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯()救了世界,然后却突然消声匿迹了,而()他的名字()就在互()联网的世界中一瞬间变得()声名远播,成为了传说。
而现在,作为「Playmaker」()的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的某件事件的真相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此()为()契机,命运的齿轮就此转动……
迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过去的真相到底是———
所()有的答案,都在「Link Vrains」中