故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而()成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间()。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可()是在「()LINK VRAINS」中却出()现了利用决斗来进行黑客行为的谜之()黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将()存在()于互联网的某()处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
()然而在世界受到这样的威()胁时,有一名决斗者站()了出来。而他的名字正是「Playmaker」。
在那场传奇的战斗中,「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团()」都想要得手的迷之AI程序。一()度拯救了世界,然后()却突然消声匿迹了,而他的名字就在互联网的世界中一()瞬间变得声名远()播,成为了传说。
()而现在,作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了()寻找过去发()生的某件事件的真相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机,命运的齿轮就此转动……
迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过去的真相到底是———
所()有的答案,都在「Link Vrains」中