故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那里有经由()巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的()VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「()LINK VRAINS」中却出现()了利用决斗来进()行黑客行为()的谜之黑客集团「海诺因骑士团()」。而他们的目标是将存在于互联网的某处()的“AI们的世界=电子界”毁灭。
然而在世界受到这样的威胁时,有一名决斗()者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」()。
() 在那场传奇的战斗中,「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界,然后却突然()消声匿迹了,而他的名字就在()互联网的世界()中一瞬间变得声名远播,成为了传说。
而现在,作为「Playmaker」的正体()的某位高中生藤木游作(),为了寻找过去发生的()某件事件的真相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此()为契机,命运的齿轮就()此转动……
迷之AI的真身,「海诺()因骑()士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过去的真相到底是———
所有的答案,都在「Link Vrains」中