故事的舞台是互联网系统发达的都市「()DEN CITY」。
在那里有经由巨型企业「SOL技()术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客()集()团「海诺因()骑士团」。而他们的目标()是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
然而在世界受到这样的威胁时,有()一()名决斗者站了出来。而他的名字正是()「Playmaker」。
在那场传奇的战斗中,「Playmaker」使()用压倒性的决斗()将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了()「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之()AI程序。一度拯救了世界,然后却突然消声匿迹了,而他()的名字就在()互联网的世界中一瞬间变得声名远播,成为了传说。
而现在,作()为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的某件事件的真相,对再次在「VRAINS」出现的()「海()诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机,命运()的齿轮()就此转动……
迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过去的真相到底是———
所有的答()案,都在「Link Vrains」中