故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
()在那里有经由巨型企()业「SOL技术社()」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」()的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进()行黑客行为的谜之黑客集团「海诺()因骑士团」。而他们的目标是()将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭()。
然而在世界受到这样的威胁时,有一名决斗者站了出来。而他的名字正()是「Playmaker」。
在那场传奇的战斗中,「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要()得手的迷之AI程序。一度拯救了世界,然后却突然消声匿迹了,而他的名字就在互联网()的世界中一瞬间()变得声名远播,成为()了传说。
而现在(),作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的某件事件的真()相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士()团」展开了追击...... 以此为契机,命运()的齿轮就此转动……
迷之AI的真身,「()海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及()隐藏在游作过去的真相到底()是———
所有的答案,都在「()Link Vrains」中