故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那里()有经由巨型企业「()SOL技术社」通过高度的网络()技术构筑而成的被称为「()LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是()在「LINK VRAINS」中()却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
然而在世界受到这样的威胁时,有一名决()斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」()。
() 在那场传奇的()战斗中,「()Playmaker」使用压倒性的()决()斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获()了「SOL技()术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界,然后却突然消声匿迹了,而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播,成为了传说。
而现在,作为「()Playmaker」()的正体的某位高中()生藤木游作,为()了寻找过去发生的()某件事件的真相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机,命运的齿轮就此转动……
迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯上()「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过去的真相到底是———
所有的答案,都在「Link Vrains」中