故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「()LINK VRAINS」的VR空间。人()们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存()在于互联网的某处的()“AI们的世界=电()子界()”毁灭。
然而在世()界受到这样的威胁时,有一名决斗者站了出来。而()他的名字正是「Playmaker」。
在那场传奇的战斗中,「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打()倒,成功捕获了「SOL技术社」和「()海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序()。一度拯救了世界(),然后却突然消声匿迹了,而他的名字()就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播(),成()为了传说。
而现在,作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的某件事件的真相,对再次在「VRAINS」出()现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此()为契机,命运的齿轮就此转()动……
迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在()游作过()去()的真相到底是———
所有的答案,都在「Link Vrains」中