故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那里有经由巨型企()业「SOL技术社」通过高度()的网络技术构()筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空()间中为体验到全新的决斗而狂热。可是()在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进()行黑客()行为的谜之黑客集团「海诺因骑士()团」。而他们的目()标是将存在于互联网的某()处的“AI们的世界=电()子界”毁()灭。
然而在世界受到这样的威胁时,有一名决斗者站了()出来。而他()的名字正是「Playmaker」。
在()那场传奇的战斗中(),「()Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了()世界,然后却突然消声匿迹了,而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播,成为了传说。
而现在,作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的某件事件的真相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展()开了追击...... 以此为契机,命运的()齿轮就此转动……
迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游()作过去的真相到底是———
所有的答案,都在「Link Vrains」中