故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通()过高度的网络技()术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」()中却出()现了利用决斗来进行黑客()行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而()他们的目标是将存在于互联网的某()处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
() 然()而在世界受到这样的威胁时,有一名决斗者()站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。
在()那场传奇的战斗()中,「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了「SOL技()术社」和「海诺因骑士团」都想()要得手的迷之AI程序。一度拯救了()世界,然()后却突然消声匿迹了,而他的名字就()在互联网的世界中一瞬间变得声名远播,成为了传说。
而现在(),作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生()的某件事件的真相,对再次在「VRAINS」出现的「()海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机,命运的齿轮就此转动……
迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过去的真相到底是———
所有的答案,都()在「Link Vrains」中