故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的()被称为「LINK VRAINS」的()VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决()斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中()却出现了利用决斗来进行黑客行为()的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的()“AI们的世界=电子界”毁灭。
然而在世界受到这样的威胁时,有一名决斗者站了()出来。而他的名字正是「Playmaker」。
在那场()传奇的战斗中,「()Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了「()SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度()拯救了世界,然后却突然消声匿迹了,而他的名字就在互联网的世界中一()瞬间变得声名远播,成为了传说。
而现在,作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木()游作,为了寻找过去发生的某件()事件的真相(),对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机,命运的齿轮就此转动()……
迷之AI的真身(),「()海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及()隐藏在游作过去的真()相到底是———
所有的()答案,都在「Link Vrains」中