故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那里有经由巨型企业「SOL技()术社」通过高度的网络技术()构筑而成()的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团()」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
然而在世界受到这样的威胁时(),有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。
在那场传奇的战斗中,「Playmaker」使用压()倒性的决斗将「海()诺因骑士团」()打倒,成功捕获了「SOL技术社」和「海诺()因骑士团」都想()要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界,然后却()突然消声匿迹了(),而他的名字就在互联网的世界()中一瞬间变得声名()远播,成为了传说。
而现()在,作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的某件事件的()真相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团()」展开()了追击...... 以此为契机,命运的()齿轮就此转动……
迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯()上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在()游作过去的真相到底是———
所有的答案,都在「Link Vrains」中