故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那()里有经由巨型企()业「()SOL技()术社」通过()高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那()个VR空间中为体验到全新()的决斗()而狂热。可是在「LINK VRAINS」中()却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭()。
然而在世界受到这样的威胁时,有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。
在那场传奇的战斗中,「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成()功捕获了「SOL技术社」和「海()诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了()世界,然后却突然消声匿迹了,而他的名字就在互联网的()世界中一瞬间变得声名远播,成为了传说。
而现在,作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了()寻找过()去发生的某件事件的真相,对再次()在「VRAINS」出现的「()海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机,命运的()齿轮就此转动…()…
迷之AI的真身(),「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过去的真相到底是———
所有的答案,都在「Link Vrains」中