故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那里有经由巨型()企业「()SOL技术社」通过高度的网络技术()构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的()VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他()们的目标是将存在于互联网()的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
然而在世界受到这样的威胁时,有一名决斗者站了出来。而他的名()字正是「()Playmaker」。
()在那场传奇的战斗中,「Playmaker」使用()压倒性的决斗将「海()诺因()骑士团」打倒,成()功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑()士团」都想()要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界,然后却突然消声匿迹了,而他的名()字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播,成为了传说。
而现在,作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的()某件事件的真相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机,命运的齿轮就此转()动……
()迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过()去的真相到底是———()
所有的答案,都在「Link Vrains」中