故事的舞台是互联()网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那里有经由巨型()企业「SOL技()术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目()标是将存在于互联网的()某处的()“AI们的世界=电子界”毁灭。
然而在世界受()到这样的威胁时,有一名决斗()者站了出来。而()他的名字正是「Playmaker」。
在()那场传奇的战斗中,「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒(),成功捕获了「SOL技()术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界,然()后却突()然消声匿迹了,而他()的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播,成为了传说。
而现()在,作为「Playmaker」()的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的某件事件的真相,对再次在「VRAINS」()出现的()「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契()机,命运的齿轮就此转动……
迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过去的真相到底是()———
所有的答案,都在「Link Vrains」中