故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」()。
在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术()构筑而成的被称为「LINK VRAINS」()的VR空间。人们都在那个VR空间()中为体验到全新的决斗而狂热。可是()在「LINK VRAINS」中却出现了利用决()斗来()进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网()的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
然而在世界受到()这样的威胁时,有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。
在那场传奇的战斗中,「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了()「SOL技术社」和()「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一()度拯救了()世界,然后却突然消声匿迹了,而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播,成为了()传说。
而现在,作为()「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的某件()事()件的真相,对再次在()「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机,命运()的齿轮就此转动……
迷之()AI的真身,「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过去的真相到底是—()——
所有的答案,都在「Link Vrains」中