故事的舞台是互联网系统()发达的都市「DEN CITY」。
在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过()高度的网络技术构筑而成的被()称为「LINK VRAINS」的()VR空间。人们都在那个()VR空间中为体验到全新的决斗而()狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联()网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
然而在世界受到这样的威胁时,有一名决斗者站了出来。而他()的名字正是「Playmaker」()。
在那场传奇的战()斗中,「Playmaker」使用()压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要()得手的迷之AI程序。一度拯救了世界,然后却突然消()声匿迹了,而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播,成为了()传说。
而现在,作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的某件事()件的真相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机(),命运的齿轮就此()转动……
迷之AI的真身,「海()诺()因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过去的真相到底是—()——
()所有的答案,都在「Link Vrains」中