故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个()VR空间中为体验到()全新的决斗而()狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行()为的谜之()黑客集团「海诺因骑士()团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
然而在世界受到这()样的威胁时,有一名决斗()者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」()。
在那场传奇的战斗中,「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程()序。一度拯救了世界(),然后却突()然消声匿迹了,而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播,成为了传说。
而现在,作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻()找过去发()生的某()件事件()的真相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机,命运的齿轮就此转动……
迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目()的,以及隐藏在游作过去的真相到()底是—()——
()所()有的答案,都在「Link Vrains」中